Vidugirių mokyklos istorija ilga ir sudėtinga. Mokykla buvo daugelyje pastatų: privačiuose namuose bei valstybės įstaigose. Caro valdymo metais vaikus mokė keletas daraktorių.

1916 metai – pirmoji lietuviška mokykla įkurta pas Vincą Nevulį. 1920 metais mokykla paversta lenkiška.

1927 metų vasario mėnesį kai kurie tėvai atsisakė leisti savo vaikus į lenkišką mokyklą. Lenkų mokytojo Stepono Gniazdowskio nurodymu, piniginėmis baudomis nubausta 13 asmenų.

1928 metai – mokykla įsikūrė pas Magdaleną Grėbliauskienę, vėliau Vinco Makausko troboje. Mokykloje mokėsi apie 60 mokinių. Juos mokė mokytojas Bronius Karpavičius. Spėjama, kad mokiniai berūkydami šią mokyklą padegė. Mokykla persikėlė į Vinco Nevulio namus. Makauskams pasistačius naują namą grąžinta ir mokykla. Ji čia buvo iki 1930 metų. Mokytojais dirbo: Czesław Jemielita, Helena Kuczyńska, Pawlikowski.

Prasidėjus Antrajam pasauliniam karui, Vidugirius okupavo vokiečiai. Lenkiška mokykla nepradėjo naujų mokslo metų. Tėvams prašant, lietuviai mokytojai, studentai ir Vytauto Didžiojo gimnazijos moksleiviai pradėjo mokyti vaikus lietuviškai. Vadovėlių pasirūpino iš Lietuvos. Mokė Vincas Kadziauskas, kuris suorganizavo lietuvišką mokyklą pas Zubavičius Šklernoje. Vokiečiai tokias mokyklas greit uždarė.

1945 m. vasario 1 d. Vidugirių mokyklos vedėju inspektoriaus buvo paskirtas Władysław Miech. 1945 m. vasario 4 d. dvi pirmos klasės pradėjo darbą. W. Miech dirbo neilgai. Jam staiga dingus, mokykla nustojo veikti iki 1946 metų sausio 8 dienos. Tą dieną mokykloje darbą pradėjo J. Valukonytė. Įsteigtos 2 klasės, kurias lankė vaikai iki 13-14 metų. Mokyklos organizacinis lygis pamažu kilo. 1947/48 veikė jau I-IV klasės. Kasmet po vieną klasę daugėjo, kol pagaliau 1950/51 m. ji perorganizuota į septynmetę mokyklą.

Pirmieji pokario mokytojai buvo lenkai. 1948-49 m. mokyklos vedėja dirbo E. Puczyłowska, 1950-55 m. – Halina Kisło. Visų dalykų mokyta lenkiškai, tačiau lietuvių mokinių tėvai, įžymių šio krašto veikėjų Jono Stoskeliūno ir Juozo Vainos paskatinti, kreipėsi į ministeriją, prašydami lietuvių kalbos pamokų. Pradėta organizuoti lietuviškas klases.

Nuo 1951 m. Vidugiriuose mokiniai mokomi gimtosios kalbos kaip dalyko. Pirmoji lietuvių kalbos mokė Bronė Kliūčinykienė. Vėliau pradėta ir kitus dalykus dėstyti lietuviškai.

1958 m. iš Paliūnuose esančių pasienio kareivių arklidžių pastatyta mokykla. Joje tilpo 7 lenkiškos ir 7 lietuviškos klasės. Gretimuose kaimuose taip pat kūrėsi mokyklos, į kurias perėjo lenkiškų bei mišrių šeimų vaikai. Ilgainiui Vidugiriuose lenkiškos klasės visai išnyko.

1977 metais, įgyvendinant švietimo reformą, Vidugiriuose, buvusiame Kadzauskų name, paliktos tik pradinės klasės su lietuvių dėstomąja kalba. Vyresni mokiniai buvo vežiojami į Punską ir Krasnavą.

Po kelerių metų atsisakyta centrinės mokyklos Punske ir mokiniai vėl pamažu ėmė grįžti i Vidugirius. Mokėsi Kadzauskų name. Vėliau mokiniai mokėsi kaimo ugniagesių svėtainėje.

1993 m. sausio 1 d. mokyklai Punsko valsčius atidavė išremontuotą sveikatos punktą.

Tėvai ir mokyklos direktorė I. Sidarienė ilgai ir atkakliai reikalavo mokyklos. Nors daug bandymų buvo nesėkmingų, nenuleido rankų ir neprarado vilties, kol sulaukė tarpvalstybinės sutarties, numatančios statyti lenkišką mokyklą Lietuvos lenkams, o lietuvišką Vidugiriuose.

1993-ųjų rugsėjo 17 d. buvo įmūrytas kertinis mokyklos akmuo ir pradėta statyba. 1994 m. rugsėjo 2 d., nors dar nebaigta, mokykla pagaliau buvo perduota mokiniams.

Mokyklinis gyvenimas tais laikais žymiai skyrėsi nuo dabartinio. Vaikai mokyklą lankė šeštadieniais. Pirmoje klasėje rašė pieštuku, o vyresnėseplunksnomis. Nešiojo tektūrines kuprines. Mokykloje nebuvo jokių švenčių, naujametinės eglutės nei pasilinksminimų. Dabar mokykloje švenčiame daugybę švenčių: Naujametinę eglutę, Senelių dieną, Motinos dieną, Užgavėnes ir kt. Minime visas tautines šventes ( Sausio 13-oji, Vasario 16-oji bei Kovo 11-oji).